わたしが家を建てるなら「コネクタごと通せる太さのパイプへ５eを配線」します。配線はあとからでもいいですが、とにかく配管。

理由はカテゴリ６以上になるとコネクタの加工が非常にシビアになるため、必要になった時点で既製品のケーブルを通し直したほうが性能を期待できそうだからです。

結局10ギガの通信がいつ普及するの？という話になる（それまで、現在主流の 1000BASE-T は５eでOK）わけですが、あと３年以上はかかるでしょう。単なる予想のレベルだとその倍ぐらい。

とはいえ家の場合は30年以上のスパンで考える必要があります。そうなると正直「わからない」わけです。

しかし交換が可能であれば必要なときに必要なモノを導入することができます。そしてこの先コネクターのサイズが小さくなることはあっても大きくなることは考えにくいです。

というわけで現在のコネクターごと通せるサイズのパイプだけ用意して、中身は適時入れ替えるのがベストではないでしょうか。